av影院在线观看-久久久久久国产精品视频-亚洲综合第一页-日日夜夜天天-快射视频网-国产精品国产-欧美三级午夜理伦三级中视频-国产日韩未满十八禁止观看-亚洲一区 国产-亚洲成av人片-久草综合视频-天天射影院-91精品一区二区-国产又粗又硬-黄色91免费-亚洲精品无码永久在线观看-中文字幕人妻高清乱码

    預(yù)存
    Document
    當(dāng)前位置：文庫(kù)百科 ? 文章詳情
    LAMMPS實(shí)操系列（二）: 大量FCC-CoCrCuFeNi高熵合金建模與最穩(wěn)定結(jié)構(gòu)篩選
    來(lái)源： 時(shí)間：2022-11-02 16:40:23 瀏覽：5163次

    上一期我們介紹了對(duì)于格點(diǎn)原子無(wú)序的FCC-CoCrCuFeNi高熵合金理論模擬中的建模思想，以及LAMMPS的程序?qū)崿F(xiàn)。本期文章，我們會(huì)詳細(xì)解讀上一期貼出的腳本，以便讓讀者更深的了解LAMMPS程序的運(yùn)行過(guò)程。下面就是程序?qū)崿F(xiàn)過(guò)程的詳細(xì)解讀與分析：

    units      metal      #定義單位系統(tǒng)為metal

    boundary      p p p        #定義三個(gè)方向都為周期性邊界條件

    atom_style    atomic       #定義原子類型為atomic

    timestep      0.001        #設(shè)定時(shí)間步長(zhǎng)為1 fs

    #構(gòu)建模型

    lattice       fcc 3.56       #定義fcc晶格常數(shù)

    region        box block 0 10 0 10 0 10   #定義模擬盒子大小

    create_box    5 box        #定義模擬盒子中最多可以包含5種原子

    label       loop       #定義腳本循環(huán)起始標(biāo)簽為loop

    variable      a loop 1000      #定義跟蹤循環(huán)次數(shù)變量a為1至1000     

    log        log.$a       #定義記錄標(biāo)準(zhǔn)輸出文件的文件名以次數(shù)結(jié)尾

    create_atoms   1 box   #現(xiàn)在模擬盒子中將格點(diǎn)原子用第1種原子Fe代替

    set    type 1 type/ratio 2 0.2 7603  #將1/5的Fe原子換成第2種原子Ni

    set    type 1 type/ratio 3 0.5 7603  #將1/2的Fe原子換成第3種原子Cr

    set    type 1 type/ratio 4 0.5 7603  #將1/2的Fe原子換成第4種原子Co

    set    type 3 type/ratio 5 0.5 7603  #將1/2的Cr原子換成第5種原子Cu

    #注意set進(jìn)行的是依次操作，這樣下來(lái)Ni、Cr、Co、Cu各占1/5

    #設(shè)置原子質(zhì)量

    mass    1 55.8 #Fe

    mass    2 58.7 #Ni

    mass    3 52 #Cr

    mass    4 59 #Co

    mass    5 63 #Cu

    #設(shè)置勢(shì)函數(shù)

    pair_style eam/alloy     #選用eam合金勢(shì)

    pair_coeff * * FeNiCrCoCu-with-ZBL.eam.alloy Fe Ni Cr Co Cu

    #選擇文獻(xiàn)提供的Fe Ni Cr Co Cu勢(shì)函數(shù)[1]

    min_style     cg     #選用共軛梯度法對(duì)模擬盒子進(jìn)行結(jié)構(gòu)優(yōu)化

    minimize      1.0e-6 1.0e-7 10000 10000

    #能量和力的容差為分別為1.0e-6 和1.0e-7，最大迭代次數(shù)為10000步

    run 0   #啟動(dòng)計(jì)算

    min_style      sd  ##選用快速下降法對(duì)模擬盒子進(jìn)行結(jié)構(gòu)優(yōu)化

    minimize       1.0e-6 1.0e-7 10000 10000

    run 0

    min_style      cg

    minimize       1.0e-6 1.0e-7 10000 10000

    run 0

    write_data FeNiCrCoCu_$a.data      #寫(xiě)出第a次循環(huán)中結(jié)構(gòu)優(yōu)化的模型

    group ALL type 1 2 3 4 5         #將模擬盒子中的原型設(shè)為group ALL

    delete_atoms group ALL        #刪除模擬盒子中的所有原子

    shell ./mseed.sh         #跟換下一輪建模計(jì)算的隨機(jī)隨機(jī)數(shù)

    next      a        #跳到下輪計(jì)算的跟中變量符a

    jump FeNiCrCoCu.in loop         

    #跳到FeNiCrCoCu.in loop文件中的label loop開(kāi)始下一輪計(jì)算

    在以上LAMMPS腳本中，需要特別注意的是，命令“set    type 1 type/ratio 2 0.2 7603”執(zhí)行的結(jié)果與隨機(jī)數(shù)7603有關(guān)，相同的隨機(jī)數(shù)通過(guò)該命令生成的結(jié)果是一樣的因此我們?cè)谏上乱粋€(gè)模型時(shí)需要提前對(duì)隨機(jī)數(shù)進(jìn)行更改。我們的更改方式是通過(guò)外部shell腳本mseed.sh進(jìn)行更改的。調(diào)用命令為shell ./mseed.sh。mseed.sh中的內(nèi)容如下：

    #!/bin/bash

    a=$RANDOM

    sed -i "13c set    type 1 type/ratio 2 0.2 $a" FeNiCrCoCu.in

    sed -i "14c set    type 1 type/ratio 3 0.5 $a" FeNiCrCoCu.in

    sed -i "15c set    type 1 type/ratio 4 0.5 $a" FeNiCrCoCu.in

    sed -i "16c set    type 3 type/ratio 5 0.5 $a" FeNiCrCoCu.in

    該腳本中，變量RANDOM是Linux shell中的一個(gè)特殊變量，每一次對(duì)其進(jìn)行取值都會(huì)任意取到0-32767之間的任意整數(shù)，且在同一個(gè)shell進(jìn)程取值不會(huì)重復(fù)，取完為止。后面四行通過(guò)sed命令將拿到的隨機(jī)用來(lái)修改FeNiCrCoCu.in文件，這樣就可以保證在循環(huán)運(yùn)行FeNiCrCoCu.in腳本時(shí)，生成的結(jié)構(gòu)都是不同的。

    最后提交任務(wù)時(shí)只需要在任務(wù)文件夾中放入FeNiCrCoCu.in、mseed.sh、FeNiCrCoCu-with-ZBL.eam.alloy用PBS腳本進(jìn)行提交就可以了。其中FeNiCrCoCu-with-ZBL.eam.alloy為eam勢(shì)函數(shù)文件，該勢(shì)函數(shù)來(lái)自于O.R. Deluigi等人的文章[1]，勢(shì)文件可以直接從網(wǎng)上下載[2]。


    下一期文章我們將繼續(xù)介紹腳本運(yùn)行完成之后的后處理，篩選出最穩(wěn)定-結(jié)構(gòu)的FCC-CoCrCuFeNi高熵合金。

    評(píng)論 / 文明上網(wǎng)理性發(fā)言
    12條評(píng)論
    全部評(píng)論 / 我的評(píng)論
    最熱 /  最新
    全部 3小時(shí)前 四川
    文字是人類用符號(hào)記錄表達(dá)信息以傳之久遠(yuǎn)的方式和工具?，F(xiàn)代文字大多是記錄語(yǔ)言的工具。人類往往先有口頭的語(yǔ)言后產(chǎn)生書(shū)面文字，很多小語(yǔ)種，有語(yǔ)言但沒(méi)有文字。文字的不同體現(xiàn)了國(guó)家和民族的書(shū)面表達(dá)的方式和思維不同。文字使人類進(jìn)入有歷史記錄的文明社會(huì)。
    點(diǎn)贊12
    回復(fù)
    全部
    查看更多評(píng)論
    相關(guān)文章

    基礎(chǔ)理論丨一文了解XPS（概念、定性定量分析、分析方法、譜線結(jié)構(gòu)）

    2020-05-03

    手把手教你用ChemDraw 畫(huà)化學(xué)結(jié)構(gòu)式：基礎(chǔ)篇

    2021-06-19

    晶體結(jié)構(gòu)可視化軟件 VESTA使用教程（下篇）

    2021-01-22

    【科研干貨】電化學(xué)表征：循環(huán)伏安法詳解（上）

    2019-10-25

    【科研干貨】電化學(xué)表征：循環(huán)伏安法詳解（下）

    2019-10-25

    XRD的基本原理與應(yīng)用

    2020-11-03

    熱門文章/popular

    基礎(chǔ)理論丨一文了解XPS（概念、定性定量分析、分析方法、譜線結(jié)構(gòu)）

    手把手教你用ChemDraw 畫(huà)化學(xué)結(jié)構(gòu)式：基礎(chǔ)篇

    晶體結(jié)構(gòu)可視化軟件 VESTA使用教程（下篇）

    【科研干貨】電化學(xué)表征：循環(huán)伏安法詳解（上）

    電化學(xué)實(shí)驗(yàn)基礎(chǔ)之電化學(xué)工作站篇 （二）三電極和兩電極體系的搭建 和測(cè)試

    【科研干貨】電化學(xué)表征：循環(huán)伏安法詳解（下）

    微信掃碼分享文章
    湘阴县| 肇源县| 台江县| 宜丰县| 洪江市| 东港市| 诸暨市| 六盘水市| 柯坪县| 抚远县| 应用必备| 永善县| 上饶市| 凤山市| 鲁甸县| 巴彦淖尔市| 界首市| 灵川县| 广宗县| 边坝县| 永寿县| 富源县| 紫云| 家居| 淅川县| 凤翔县| 蕲春县| 金阳县| 小金县| 赤水市| 米易县| 永吉县| 文登市| 孝昌县| 青铜峡市| 阿合奇县| 虎林市| 潍坊市| 精河县| 北碚区| 灵川县|
    +

    你好，很高興為您服務(wù)！

    發(fā)送