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一、細菌的 16S rDNA 序列在不同的物種間是高度保守的，不同的物種間序列是不一樣的，因而對此序列通過PCR 擴增、測序，與 GenBank 中的已知序列進行比對后，則可判定細菌種類，將其劃分到屬或種。16srDNA (16SrRNA 為核糖體的 RNA 的一個亞基，16srDNA 就是編碼該亞基的基因)鑒定是指用利用細菌 16srDNA 序列測序的方法對細菌進行種屬鑒定。16srDNA 是細菌染色體上編碼 16srRNA 相對應(yīng)的 DNA 序列，存在于所有細菌染色體基因中。 rRNA 指的是 rDNA 的轉(zhuǎn)錄產(chǎn)物，它是構(gòu)成核糖體的重要成分，核糖體由許多小的 rRNA 分子組裝而成，16S rRNA 是其中一個組件，一般所分析的對象都是 16s rDNA,因為 DNA 提取容易,也比較穩(wěn)定。

二、真菌的 ITS 序列在不同的物種間是高度保守的，不同的物種間序列是不一樣的，因而對此序列通過擴增、測序，與GenBank 中的已知序列進行比對后，則可判定真菌種類，將其劃分到屬或種。

真菌鑒定 4 種基因標記：

1、ITS：內(nèi)部轉(zhuǎn)錄間隔區(qū)（internal transcribed spacer of RNA Pol1），rRNA經(jīng)翻譯后修飾移除部分，共兩個間隔區(qū)，包括5.8S 基因；

2、LSU：28S 核糖體大亞基（28S nuclear ribosomal large subunit rRNA）；

3、SSU：18S 核糖體小亞基（18S nuclear ribosomal small subunit rRNA）；

4、RPB1：RNA 聚合酶 2 最大亞基（the largest subunit of RNA polymerase II），單拷貝，遺傳趨異慢。

內(nèi)轉(zhuǎn)錄間隔區(qū) ITS 由于不需要加入成熟核糖體，因此在進化過程中能夠承受更多的變異，屬于中度保守的區(qū)域，其保守性基本上表現(xiàn)為種內(nèi)相對一致，種間差異比較明顯。這種特點使 ITS 適合于真菌物種的分子鑒定以及屬內(nèi)物種間或種內(nèi)差異較明顯的菌群間的系統(tǒng)發(fā)育關(guān)系分析。

三、微生物多樣性測序（又稱擴增子測序）是利用二代測序平臺，對16S rDNA /ITS 功能基因等特定區(qū)段 PCR產(chǎn)物進行高通量測序，突破傳統(tǒng)微生物不可培養(yǎng)的缺點，獲得環(huán)境樣本中的微生物群落結(jié)構(gòu)、進化關(guān)系以及微生物與環(huán)境相關(guān)性等信息。

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