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宏轉(zhuǎn)錄組

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宏轉(zhuǎn)錄組

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項目介紹

宏轉(zhuǎn)錄組學(Metatranscriptomics)的研究對象是微生物組mRNA，在獲取微生物組總RNA并去除rRNA之后，反轉(zhuǎn)錄為cDNA，并構建合適長度的插入片段文庫，對這些文庫進行雙端(Paired-end，PE)高通量測序，從而能精確定量整個菌群中具有活性的物種精細組成及其對應功能的表達水平，進而鎖定菌群中的關鍵生物標記物、闡明其生物學意義。

實驗流程：

分析流程：

樣品要求

1. cDNA：濃度≥20 ng/μL，總量≥1 μg，必須是雙鏈cDNA；

2. RNA：濃度≥100 ng/μL，總量≥4 μg，并確保RNA無降解；

3. 土壤、污泥等原樣，至少提供1.5g；

4. 樣品保存期間切忌反復凍融，送樣時干冰運輸。

項目案例

CAZy酶的注釋結(jié)果統(tǒng)計圖

Unigene差異表達MA圖

種水平的豐度等級曲線圖

常見問題
1、宏轉(zhuǎn)錄組測序有哪些特點？


1、直接對群落樣本中的轉(zhuǎn)錄本進行測序，真實再現(xiàn)群落的活性功能；

2、業(yè)界公認的總RNA 提取方法和rRNA 去除技術，穩(wěn)定；

3、使用Illumina NovaSeq高通量測序平臺，速度更快周期更短；

4、功能+物種，雙管齊下；拼接+不拼接，各取所長，實現(xiàn)對物種和功能的“高分辨率”精確定量；

5、根據(jù)樣本、數(shù)據(jù)特征，自動選擇分析流程，多種功能注釋數(shù)據(jù)庫可選，優(yōu)化宏基因組功能代謝譜注釋；

6、通過多種多變量統(tǒng)計分析和機器學習方法，系統(tǒng)、深入地挖掘宏轉(zhuǎn)錄組大數(shù)據(jù)中差異相關的關鍵物種和關鍵功能，識別關鍵生物標記物。

宏轉(zhuǎn)錄組

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